12月20日联大学生复课情况颇不整齐。下午梅贻琦召开联大教授会，继续劝告学生复课。晚九时半联大学生会理事王瑞沅、王世堂来到梅贻琦宅，梅将教授会劝同学复课意见面告后再行规劝。
　　12月22日联大学生上课情形仍未好转。下午梅贻琦又在清华大学召开联大教授会，商讨学生复课问题。教授会决议：“在12月17日会议中，同人等曾有了解，请求政府将李宗黄先予以撤职处分，如不能办到撤职，则教授会全体辞职。兹补充为，‘从今日起，以两个月为求此事实现之最大限度’。”会后，梅贻琦留周炳琳、冯友兰、赵迺抟晚餐，晚饭时，他们一同草拟了《西南联大梅常务12月20日对学生自治合理事谈话内容》文件。文件称：
　　今天下午教授会议中，对学生自治会代表会所议决之修改的复课条件本身，认为第一条A，教授会已在昨天告同学书中说明，关于本月一日之惨案，除军事负责首脑人员已经政府先行停职议处外，教授会并请求政府对行政负责首脑人员先行撤职，决以去就力争，促其实现。B，涉及李、关、邱 (即李宗黄、关麟征、邱清泉)%诉讼部分，已由法律委员会提起正式控诉。第二条、第三条，今天卢主席、霍总司令已有声明，可称完备。第四条，教授会已发表关于此次事变经过情形之报告，送中央日报等报馆登载，除函催各报馆照登外，并可印发，广为传播。第五条，抚恤及赔偿无问题，地方当局已有声明，并已由本校呈请政府拨款。”
　　卅四年十二月二十日见《吾爱吾师吾尤爱真理》
　　此时，傅斯年“已决定明日返渝，校事不欲过问矣”。晚饭后，梅贻琦随同周炳琳、赵迺抟回到北大办事处访傅斯年“劝其稍缓返渝，未得谅允”。
　　12月23日上午梅贻琦到才盛巷北大办事处稍坐，与周炳琳等送傅斯年到飞机场，等到下午一点始知飞机为明日飞渝，梅贻琦与傅斯年、周炳琳等回到厚德福食涮羊肉。下午睡起，梅贻琦得到潘光旦来告：“教授会声明文告登报未恰妥”。他“赶赴才盛巷与周（炳琳）、杨（振声）商量后急函卢汉（省主席）请设法登出”。
　　12月24日周炳琳下午有致梅贻琦“辞职信颇坚决”。梅贻琦夜十一点回家后才得读此信。梅“急作复恳留”。
　　12月24日“一二·一”惨案主使人李宗黄被调离昆明，在这以前另一惨案主使人云南警备总司令关麟已被“停职议处”。同时，梅贻琦和云南大学熊庆来校长举行记者招待会，报告“一二·一”运动真相，驳斥了中央社的造谣诽谤，并且指出地方当局的错误和责任。梅贻琦常委在报告中称：
　　昆明各学校学生，自上月廿六日起罢课，实为至不幸之事。关于此事经过真相，联大教授会曾经发表声明。其内容未能追溯事起之初，由于云南大学、中法大学、英语专科学校及本校四大学学生自治会于十一月二十五日晚假本校校址，召开时事讨论会。当日上午，本校及云大当局曾特应党政当局之邀约，面告此种开会，过去常有其事，向未发生事端；但在该会开始前一二小时，本校又接到云南省政府及云南警备总司令函：“查目前集会，均须事前请准，始得举行，顷悉云大、联大、中法、英专四大学学生自治会发起演讲会，于本日下午六时半在云大至公堂举行，欢迎各界人士前往参加，此种集会，并未先行请准，应即停止举行，以免影响治安，希即转知贵校长学生自治会遵照为荷”等语。本校认为学生在校内集会，过去情形良好，且当日上午曾与当局说明，似无劝阻之必要。不意当晚该会进行中，突有枪声四起，流弹横飞，幸学生持以镇静，未肇事端。及散会后，参加者又为军队所阻，至深夜始得通行。翌日本市报纸载有昨晚联大附近匪警之消息 （本报按：当日报载系“西门外白土坡附近”），因此群情愤慨，本市中等以上学校学生遂相率罢课，要求地方当局查办前晚负责开枪之人员，并收回与中央法令相抵触之禁止集会之禁令。罢课后，本校当局一再晓谕学生，劝令复课，预计本月三日可以上课。至三十日，复有便衣暴徒闯入云大及中法校内，捣毁校具。当日学生出发，在外说明罢课，呼吁和平，比遭暴徙痛殴及枪击，学生亦有被拘入宪兵驻在所者。当晚学校当局又复告诫学生，以后勿再出校，免生意外。乃本月一日晨十时许，即有身穿杂色制服者数十人，并有佩带领章符号者，手持木棍扁担，呼啸冲入云大校门，捣毁器物。少顷，本校新校舍门前，陆续到有百余人，佩有第二军官总队符号，以木棍石子向校门进攻，以致发生互殴情事。暴徒有手持手榴弹预备投掷者，为本校教授高崇熙所见，立劝队长加以阻止，该队长尚明大义，即将该手榴弹夺回，掷向南区校舍外，时有南菁中学于再先生，来到本校理发，被阻于门外，先遭遇殴伤头部，复被弹片中伤，当晚身死。学生遭受毒打重伤者十余人。本校教授袁复礼适在南区校舍，冒险劝阻，亦被殴打数棍。同时复有暴徒四五十人，或御军服，或穿便衣，由三青团云南支团部某干事率领，先到联大附中捣毁门窗牌告，并毁坏捐款箱，劫去捐款，中学生见状躲避，幸未伤人，该暴徒继哄往本校师范学院，强行闯入，先在饭厅前掷手榴弹一枚，学生闻声避入隔壁工校内，初未伤人。及暴徒等已退出，学生返来关门，暴徒复返身将校门打破，掷手榴弹二枚，当场炸伤学生多人，本校学生李鲁连，即时中弹倒地，昆华工校十七岁学生荀极中（即张华昌）头部受重伤，本校女生潘琰，头部胸部受重伤，均于当晚毙命。本校员生闻变，前来救护，并将死伤同学抬至云大医院，当时复有大队暴徒跟踪而至，将甫自医院退出之学生包围毒打，其中联大学生高金堂受重伤，该暴徒等更劫去钢笔手表及学生证等物。下午二时许，有身穿灰色制服及便装暴徒六七十人，由一身材高大服黑衣者领导，闯入本校工学院办公处及教职员宿舍，任意捣毁校具，破坏门窗。本校教授马大猷、钱钟韩及教员牟光信出面劝阻，即遭毒打。暴徒临去时，复将校警手持之步枪二支带走。早在当日晨六时，即有暴徒六七人，闯入工学院学生宿舍，时学生尚未起床，幸无死伤，暴徒只破坏门窗牌告而去。总计本月一日暴徒在本校散在四处之各学院及附中所肇事端，共有五起，而师范学院所遭事变最为惨重。以上所述各节，为是日惨案经过情况，就调查所及，当日学生被殴杀者凡廿十九人，计立时毙命者一人，逾时死亡者三人，受重伤住医院者十一人，轻伤者十四人。综观惨案经过，自非偶然事件。查当时地方最高当局于惨案形成期内，实总揽当地军政大权，对于学生集会，施意高压，应负激成罢课风潮之责任。……本校教授会于惨案发生后，即成立一法律委员会，根据法律，向政府有关部门提出法律上之控诉，以维法纪，并发表事变经过。现在中央对于此次事变负责之当局，已有初步之处置，并经各方面努力调查学校已渐恢复常态，所以请诸位先生转告社会，以明此次事变经过之真相。

　《中央日报》（昆明）1945年12月26日
　　12月25日昆明市中等以上学校罢课联合会发表《复课宣言》，宣布“停灵复课”，并继续为反内战和争民主争自由奋斗到底。这就使蒋介石解散西南联大的“最后处置”的计划无法实现。“一二·一”运动至此告一段落。下午，梅贻琦小睡后接到周炳琳来信，说“暂可不辞矣”。晚上，梅贻琦到才盛巷看望周炳琳，周留梅吃晚饭。汤用彤、贺麟也到才盛巷劝周炳琳不要辞职，晚九时他们才一起离开才盛巷。12月27日西南联大全体学生复课，29日梅贻琦约云南省主席卢汉、云南警备总司令霍揆彰午宴，请周炳琳等作陪。
　　意想不到的是，李宗黄到重庆后，蓄意翻案。他于1946年1月5日向国民党中央执行委员会常务会议提出《拟请列席中央常委会报告昆明学潮责任以期明事非而彰公道案》，要求列席中常务会议，替自己的罪行辩护。此事竟然得到蒋介石的默许。2月6日周炳琳从内部渠道得知将任命李宗黄的消息，立即忿忿写信给朱家骅部长，表示必须去掉李宗黄的决心。
　　周炳琳的这封信，是2月9日到达重庆的。教育部在收文登记簿上“函由”一栏中开列了此信的两个要点，第一点为“李宗黄撤职事，须即办，不可再议，否则学校将复入不安状态中，望先生特予注意”。第二点为“孟真兄对此事亦曾作保证”。
　　2月6日下午五点，西南联大常务委员会开会，梅贻琦主持，周炳琳、陈序经自重庆返昆明，出席了常委会。会后，梅贻琦请周炳琳草拟致教育部电，再度申述李宗黄必须免职的理由。2月11日国防最高委员会不惜将党政考核委员会秘书沈鸿烈调离，把这个职务委派给积怨最深、民愤极大的李宗黄。李宗黄的升迁，激怒了学生，也激怒了西南联大的教授们，亦激起昆明民众的极大义愤。他们奋起反对，其中周炳琳的态度最为坚决。2月17日昆明政治协商会议促进会、文协昆明分会、中苏友协昆明分会、昆明学生联合会、学生报社、中国周报社、民主周刊社等十团体，在西南联大新校舍联合召开“庆祝政治协商会议成功，抗议重庆‘二·一零’惨案，坚持严惩‘一二·一’惨案祸首大会”，严重抗议屠杀四烈士的凶手李宗黄升迁事件。
　　在各界人士的强烈反对声中，4月12日国民党政府行政院才决议：免去李宗黄云南省政府委员兼民政厅长本兼各职。晚上，梅贻琦约请周炳琳、汤用彤、叶企孙、赵迺抟到家中吃晚饭。4月21日梅贻琦又到才盛巷访周炳琳，未遇乃归。5月8日午饭后，梅贻琦到才盛巷看望周炳琳眼疾，适逢周外出就诊，未遇。
　　1946年5月西南联大在昆明宣告结束，三校迁回平津，恢复北大、清华、南开三大学建制。