次日清早，蒋介石召见杜。蒋看上去非常疲惫，他对杜简单作了交代：“你先回去做解决龙云的准备工作，等日寇投降的事情处理后再待命实行。”

　　杜聿明起身离开时，蒋又说：“除军事上积极准备外，还要注意对云南的通讯、交通及各机场做周密的计划和布置，以防龙云逃跑。 龙云一跑，我们就会非常被动。”

　　8月11日，杜聿明由重庆飞返昆明。他随即照蒋介石的指示，积极准备解决龙云的各项措施。

　　在军事方面，杜聿明以准备到沦陷区各大城市解除日寇武装作为借口，对各部队排长以上军官亲自教过沙盘演习，各部队并分别实施过排、连战斗演习。对于如何投送蒋介石的命令，说服龙云部队投降，也作了准备，并且根据龙云所部排、连、营、团等兵力大小和驻地工事好坏程度，作了不同的火力兵力部署和准备采取的战斗战术方法，以期在极短的时间内将龙云的武装彻底解除。

　　同时，杜还对云南省各电报、电话、公路、铁路和各机场，也准备好一套严密控制的办法，以便在蒋介石的命令发表后，使龙云与各方隔绝，既不能逃走，也无法对外联系，只给龙云留五华山即云南省政府所在地和他的警卫大队，让他看到大势已去，逼他俯首服从蒋介石命令。

　　这些准备工作，前后共经过约一个月之久，才告完成。所有在昆明的人包括部队高级军官，都未曾察觉杜执行的是蒋介石企图吃掉龙云的阴谋。

　　当时，卢汉率领第一方面军的3个军进入越南对日寇受降，兵力本已绰绰有余。可是，蒋介石为了准备下一步棋，硬说日寇有阴谋，接收兵力不足，恐怕出意外，要龙云再扩充一个军，加入第一方面军进入越南接收。开始龙云不同意，认为没有这个必要。经过老蒋再三坚持，龙云不知是计，便将他原来留在昆明龙绳武的一个师，随同第一方面军开入越南。至此，龙云在昆明的部队，只剩下一个宪兵团和警卫大队了。而蒋介石这时在昆明的队伍尚有第五军、第二○七师、云南机场守备司令部所属4个团、宪兵十三团等部队。拿下龙云绰绰有余。

　　万事俱备，杜聿明只差老蒋一声命令了。而龙云此时却还蒙在鼓里，浑然不知。下面是杜聿明的一段回忆：

　　9月27日，蒋介石派他的心腹王叔铭秘密到昆明，送来一封亲笔信给我，信中大意说：日内就要颁布免除龙云在云南军事政治本兼各职的命令，调他任军事委员会军事参议院院长，要我最好一枪不发，并绝对保证龙云的生命安全，并说，龙任军事参议院院长，“仍然是你的长官，必须以长官之礼相待，照命令限期送龙云到重庆。……”但是他又说，他已令昆明飞机归我指挥，应将飞机、大炮、坦克一齐准备好，万一龙云不接受命令的话，就立刻集中火力轰击五华山。蒋介石就是这样的一个狠心人。

　　当时我想：在政治上，我同龙云是不可能并立的；可是在私人感情方面，我同龙云相处甚好，而且到了无话不谈的程度，对龙本身加以危害的事，我绝不能做。我并暗想到：蒋介石这封信写得十分冗长而且前后矛盾，可能他要借我的手杀龙云，以除后患，万一龙云死了，舆论哗然，蒋介石必定把这一罪责加到我的头上，而他自己反倒装成一个“菩萨”似的好人，何况杀鸡并不要宰牛刀，解决龙云也并不需要使用这么猛烈的火力。于是我连夜复了蒋介石一封信，信中大意说：对于解决龙云的军事，我已准备妥当，龙云及其左右直到9月27日为止尚在梦中，只要蒋的命令发表，在两小时内可以全部解除龙的武装，控制五华山以外的整个市区，并恢复秩序；龙云只剩五华山弹丸之地，而且只有一个警卫营的兵力，绝不足以为患，他看到大势已去，将会自动离昆赴渝。我又说，即使龙云不听命令，负隅顽抗的话，也是他自找没趣，自寻死路，与蒋介石的威信无关，我可以用一部分陆军立刻解除龙云警卫大队的武装，活捉龙云；但是假如照蒋介石的指示，使用飞机大炮轰击，不但龙云的生命难以保全，而且五华山建筑及城内无数居民的生命财产势将遭到损失，甚至波及云南大学及西南联大师生的安全，引起学潮，在政治上将发生极端不好的影响。

　　蒋介石是最怕闹学潮的，过了一天，他复信同意我的意见，决定不使用空军轰炸，同时蒋又认为龙云不会接受他的命令，势必顽抗到底，对于解除龙云的武装问题又进一步作了详细的指示，并说“金马、碧鸡是历史上争取昆明的要点，得之者成，失之者败，必须以重兵占据，万不可疏忽”，云云。

　　9月29日晚，杜聿明来到昆明市北的岗头村预先准备好的指挥所，召集团长以上的干部及新任云南省政府民政厅长、代理云南省主席李宗黄等开会，并下达了解除龙云军队武装的命令。