1937年7月7日，卢沟桥事变发生，全国性的抗日战争由此开始。8月25日，日本宪兵进驻北大。平津陷落后，北大、清华、南开三校南迁长沙，合组一校，定名为长沙临时大学。1937年底南京陷落，学校再迁昆明，1938年4月2日，更名为国立西南联合大学，5月4日开始上课。1945年8月抗日战争胜利，西南联大于1946年5月4日结束，各自返回原校。连同长沙临时大学时期，历时9年。
    西南联大期间，地质、地理、气象三个学科合在一系，称地质地理气象学系。抗日战争期间，在非常的条件下，学系培养了不少人才，此后，20人成为中科院院士。这段历史很值得研究和借鉴。
    顽强的意志和克服困难的精神。那时，办学条件很差。起初，理学院借昆华农校等地上课。新盖的教室和宿舍，1939年夏开始使用，那是一些低矮的土墙泥地草顶(部分是铁皮顶)的平房。迁往昆明时，北大地质学系的图书、仪器、标本等没有运出，清华地学系仅运出一部分。在昆明期间添置了一些，也只有显微镜4台，岩石和古生物标本各一套，英美等国当时的地质参考书百余册。此后，通过学生野外实习、毕业论文等活动陆续采到云南各地的标本，才有所充实。当时，没有磨片设备，只得到玉器作坊切薄片，拿回来自己动手在钢板或玻璃板上磨制。后来请机械系帮助做了一台脚踏磨片机。矿物实习用的吹管也是自己土法做的。就是这样自力更生想方设法地解决教学设备不足的困难，坚持办学。
    良好的师资阵容和严格的教学要求。当时，教师阵容是很强的，孙云铸教授任系主任，地质学方面的教授先后有：孙云铸、王烈、袁复礼、冯景兰、张席褆、米士(德人，P.Misch)、王恒升、谭锡畴、王炳章、张寿常、苏良赫等。联大十分注意基础课教学，地质学方面的基础课设有：普通地质学、古生物学、地史学、地层学、矿物学、光性矿物学、岩石学、矿床学、构造地质学、地质测量、区域地质、测量学、地文学等，均由教授任课。教学要求上也很严格，学生按系招生，但录取后不算入系，经一年学习后，本系基础必修课必须在70分以上，才能入本系继续学习，否则得转系。考试不及格的课程不实行补考，而是重修。先修课程不及格，不得学习后续课程。全年1/3课程不及格者得留级，1/2不及格者即令退学。
    活跃的科学研究和地质调查。联大期间，科研条件受到很大限制，但做了大量工作。当时的研究工作是结合西南，特别是云南的建设和矿产工作进行的。1938年，当局成立西南经济调查合作委员会，联大请了7位教授参加，孙云铸教授即为其中之一。1942年，系里与云南建设厅合作，成立云南地质矿产调查委员会，孙云铸教授兼任主任委员，后又成立了横断山脉(保山区)地质调查队。那时，与矿业部门、建设部门合作进行了不少地质工作。师生们对云南的地层及构造作了大量的调查与研究，对云南的矿产如煤、铁、铜、铝、锡、汞、磷等资源都有新的发现。教授们还发表了不少论文。还特别注意教学与科研相结合。从1939年8月起，北大、清华研究院地质学部陆续招收研究生，先后有13人入学。
    刻苦的学风和探求的精神。联大期间，系里在校生最多的年份达109人，最少的年份仅34人。共有167人毕业。尽管当时敌机不时轰炸，学习生活条件艰苦，但许多学生的学习是很努力很刻苦的。1941年以后，昆明屡遭轰炸，上课时间改在上午7点至10点，下午3点至5点。图书馆的位置少，有的学生不得不到街市的茶馆中看书。学生要到郊外岗头村古庙里去看薄片。有些学生因经济无着，兼差负担过重，学习常有中断，但仍坚持下来，以致读了六、七年才毕业。为扩大视野、培养研究能力，学生中还有地质学会之组织，除经常有各种讨论会、读书会外，还常举行学术讲演。中国地质学会昆明分会论文报告会常在联大举行，同学们大多出席旁听。中国地质学会“为奖励学生努力研究工作，提高兴趣，更求精进起见”，于1940年设立“学生奖学金”，奖给四年级学生调查报告或研究论文之优秀者。先后发给4次，得奖学生28人，其中联大学生20人。
    八、九年时间不算长，抗日战争期间，办学条件艰苦，为什么西南联大地质地理气象学系能培养出众多的人才?尤其是杰出的人才，在庆祝北大地质学系建立90周年的时候，这是值得我们很好研究和思考的。现在条件好多了，我们应该做得更好。