第一，历史问题

历史问题是中日关系中敏感的政治问题。如何认识和对待日本军国主义侵略中国的历史问题，早在１９７２年中日邦交正常化谈判时就是焦点，在中日联合声明和中日和平友好条约中已明确表述，构成了中日关系的政治基础。中方历来主张“前事不忘，后事之师”，愿意在尊重历史的基础上面向未来，发展两国人民世代友好。但前提是必须正视和承认历史。另一方面，日本右翼势力否定、美化侵略历史的活动不断发生，对中日关系形成严重干扰。第二，台湾问题

台湾问题涉及中日关系的政治基础。二次大战后，根据《开罗宣言》和《波茨坦公告》，日本将台湾及澎湖列岛等归还中国。１９７２年９月２９日签署的《中日联合声明》第三条载明，“中华人民共和国政府重申：台湾是中华人民共和国领土不可分割的一部分。日本政府充分理解和尊重中国政府的这一立场，并坚持遵循《波茨坦公告》第八条的立场”。上述表明，中日两国之间围绕台湾地位问题已通过邦交正常化从政治上得到了结，双方就日台关系的性质和处理原则达成谅解。

但日本右翼亲台势力十分活跃，他们支持台独或“一中一台”。一些日本政界要人主张日本要与台湾加强政治交流，为台湾当局“领导人”访日奔走呼号。第三，钓鱼岛问题

钓鱼诸岛位于中国台湾省基隆市东北约９２海里的东海海域，是台湾省的附属岛屿，主要由钓鱼岛、黄尾屿、赤尾屿、南小岛和北小岛及一些礁石组成。钓鱼诸岛自古以来就是中国的领土，它和台湾一样是中国领土不可分割的一部分。中国对钓鱼诸岛及其附近海域拥有无可争辩的主权。

但近年来，日本右翼分子在钓鱼岛问题上不断制造事端。

第四，日美安全合作问题