少年时代，家庭贫寒，靠父母省吃俭用人东文学堂读书，毕业后，考入云南优级师范深造。1906年加人孙中山创立的同盟会。此后，不断结识清军驻滇第十九镇进步官兵，秘密酝酿革命。1909年师范毕业后，弃教从军，考入云南陆军讲武堂，以优异成绩被选拔到丙班(特别班)攻读军事。并在该班秘密建立同盟会组织，联络各班反清同学，积极宣传“驱逐鞑虏，恢复中华，建立民国，平均地权”的同盟会纲领。

　　1911年辛亥革命爆发，杨蓁英勇地投入了昆明“重九”武装起义。胜利后，由起义领袖之一的蔡锷(湖南邵阳人)担任云南都督。上任后执行他的老师梁启超的指示：“运用滇军控制川、黔，雄据长江上游，以观天下之变”的“西南政策”，并以北伐之名，出师川、黔。杨蓁认为不可，师之一出，难分良莠，必伤义军而害我革命党人，因此，拒绝与从，而只身离开云南，北上燕赵，投奔河北义军领袖吴禄贞，以期扫清清室，铲除祸根。但正在前往途中，忽闻吴已遇刺身亡，遂决定转道南京，晋谒孙大总统。到达南京后，杨蓁受到孙中山的巨大鼓舞。旋即参加暗杀团，前往北京准备刺杀清廷的重要人物内阁总理大臣袁世凯。1912年，在他即将抵达北京时，袁世凯为形势所迫，转向革命，于2月3日向孙中山提出清帝退位与议和条件，已无行刺必要。杨蓁遂返回云南，加入滇军。

　　1914年初，杨蓁受云南都督唐继尧委派担任营副。同年6月，孙中山在日本东京成立中华革命党，以反对袁世凯取缔国民党，镇压革命派的罪恶行径，杨蓁在昆明起而响应，与邓泰中、董鸿勋等滇军将校加入中华革命党，并创办《滇声报》、《觉报》等报刊，揭露袁世凯专制卖国，痛斥进步党为虎作伥。

　　1915年12月12日，袁世凯公开宣布复辟帝制，接受皇帝位，全国不少省份表示拥戴，惟云南例外，都督唐继尧欲举全滇之力起而反对。原准备在袁世凯12日接帝位这一天起兵讨伐，但因闻悉李烈钧、蔡锷等人即将抵滇的消息，只好把起义的时间向后推延，等待李、蔡到昆时再定。

　　17日，李烈钧、方声涛等人带着大批经费来到昆明。19日，蔡锷、戴戡、殷承谳等人到昆。经过秘密会议研究，23日先由唐继尧、任可澄联名致电袁世凯，必须取消帝制，严惩祸首，杀杨度等13人以谢天下，并限24小时答复。25日，由唐继尧、蔡锷、李烈钧领衔，通电全国，宣告云南独立，讨伐袁世凯，护国起义爆发。

　　起义以前，杨蓁已接受唐继尧的命令，担任刘云峰第一梯团第一支队长，与邓泰中第二支队一同以剿匪的名义开到了昭通，通电发出时，立即出其不意，进入四川，使袁世凯为之大惊。

　　叙府一役，以少胜多，以弱胜强，旗开得胜，首战告捷，为在短期内打败袁世凯，创造了良好开端。

　　蔡锷率领的人川护国军第一次主力进入四川后，杨蓁又奉命投入纳溪战役。但在是战还是守的问题上与蔡总司令发生分歧而被派回云南休整。唐继尧深知杨蓁的为人，以盛大隆重的仪式欢迎他，并因功晋升少将军街，授予文虎勋章。

　　1917年由于段祺瑞废除约法，实行专断，遭到全国人民的反对，孙中山掀起了护法运动，讨伐北洋军阀段祺瑞。云南起而响应，联合川、黔、桂、粤、湘、秦等省，组织靖国联军，出师北伐，杨蓁被调升总参谋长，授中将军衔，挥军北讨。后因对唐继尧以滇控川战略提出异议，被免去军职，调任云南咨议厅长。不久，经唐继尧同意，赴日本考察军事，途经上海，谒见孙中山，建议团结驻川各军，共同北伐。建议为孙中山所采纳，派邓泰中入川说服，不料遭到川督熊克武的阻挠，未能达到团结一致、共同北伐的目的。孙中山对熊克武所为极为愤慨，及时电令唐继尧出兵讨伐之，导致熊督反目，川滇交恶。

　　1920年，杨蓁结束了在日本的考察之后回到云南，断然参加唐继尧讨伐熊克武的军事行动。但四川幅员广大，兵力雄厚，在“川人站川”的口号下，川军各部联合行动，驻川滇军遭到惨败，赵又新第二军在泸州覆没，顾品珍第一军撤回云南。

　　1921年1月，顾品珍回军倒唐自主滇军后，指派杨蓁担任滇中卫戍司令。出任后，他遵照孙中山提出的兵工政策，率领所部，首筑昆明至腾冲的昆腾公路昆明段。在筑路过程中，他亲身参与士兵劳作，极大地鼓舞了广大官兵的筑路士气，很快就由小西门修到碧鸡关。后因故停修。同年4月，国会在广州举行非常会议，推选孙中山为大总统，杨蓁致电祝贺，表示拥护。同时劝顾品珍出兵北伐，因意见不合，被顾护送出境，到达广州，投奔孙中山，后又离开羊城，一度避居香港。

　　1923年夏，广西军队首脑沈鸿英与北洋军将领方本仁相配合，进攻广州，军政府告危，大总统受难。杨蓁为了解广州之围，联合驻粤滇军将领杨廷培、廖行超等部奇袭沈军并大胜，使方本仁部溃败而逃，迅速解广州之围。4月19日又在白云山粉碎了叛军沈鸿英的反攻。因杨蓁功劳特著，孙中山将他调升大本营参谋长。

　　1925年初，滇桂交战，杨蓁担任大元帅府组织的拒唐援桂联军范石生部参谋长兼前敌总指挥，将唐军龙云部围困在南宁。龙部突围后，范部紧紧追击，至云南广南，杨蓁不幸被刺身亡，时年36岁。